Пустынь была образована черноморскими казаками, для которых заменила закрытый в 1786 году после уничтожения Запорожской сечи Межигорский монастырь как место, «куда старые сѣчевники обыкновенно удалялись на покой и покаянiе».7 августа того же года Святейший Синод постановил устроить монастырь на 30 монашествующих и 10 «больничных», с соборной церковью, колокольней и больничным храмом, вскоре при монастыре была открыта школа. Местом расположения пустыни было определено островное урочище «Лебяжьи Лиманы». Ее первым настоятелем в 1796 году стал выходец из Межигорского монастыря, сын священника архимандрит Феофан.
Едва освоившись на Кубани, казаки обратились в Святейший Правительственный Синод за разрешением перевезти сюда библиотеку Межигорского монастыря. Но лишь к 1804 году большую часть того, что удалось отыскать, доставили на Кубань. Описывая кубанские древности, историки всегда вспоминали о межигорских сокровищах: известно, что в Лебяжью пустынь доставили Евангелие, пожертвованное в Межигорский монастырь в 1654 году игуменьей Агафьей Гуменецкой, и ещё 11 книг.
В первой трети XIX века пустынь имела около 10 000 десятин земли, в том числе огороды, сады, пашни, виноградники, 3 мельницы, 2 рыбных завода и мастерские. Монашествующие занимались пчеловодством, овцеводством и коневодством. В пустони велось постоянное строительство: через лиман от монастыря расположилась Киновия, где были выстроены церковь «Во имя Всех Святых», небольшие хозяйственные постройки и кирпичный заводик. В Екатеринодаре было открыто монастырское подворье. В ярмарочные дни монахи торговали зерном, виноградом, красным вином и овощами.
Пустынь находилась на содержании Черноморского казачьего войска вплоть до 5 февраля 1872 года, когда перешла полностью в ведение Кавказской епархии.
В 1917 году пустынь была закрыта, в монастыре произошел пожар. 13 декабря 1920 года в закрытом монастыре из 10 семей (34 человека) безземельных крестьян-бедняков была организована коммуна «Набат», которая была разрушена в 1921 году в ходе Гражданской войны.
Уже в наше время началось возрождение Екатерино-Лебяжской пустони. Осенью 1992 года архиепископ Екатеринодарский и Кубанский Исидор отслужил в поселке Лебяжий Остров литургию и освятил привезенный из Украины камень с табличкой: «На этом месте будет воздвигнута часовня в честь 600-летия преставления Преподобного Сергия Радонежского Игумена и всея Руси Чудотворца». 19 мая 2014 года Священный Синод РПЦ по прошению епископа Ейского и Тимашевского Германа (Камалова) постановил вновь открыть Екатерино-Лебяжский Николаевский мужской монастырь.
Источник: https://felicina.ru/projects__trashed/den-v-istorii-kubani/fevral/

Документация
Карта города